И сразу-же появились шокирующие новостии о новоиспеченным министре. Во время военной службы Сурен Папикян нанес удар ножом своему командиру, который систематически насиловал его. По данному факту было возбуждено уголовное дело. 27 марта 2006 года он был приговорен 5-ым гарнизонным военным судом к лишению свободы на 2 года 3 месяца.
Папикян отбывал наказание в уголовно-исполнительном учреждении «Нубарашен», затем примерно через год - 23 февраля 2007 года - был освобожден по амнистии.