Правоохранительные органы Азербайджана, в частности, МВД и Генпрокуратура сделали все для раскрытия этого злодейского убийства. Так, было установлено, что исполнителями преступления являются граждане Грузии Теймураз Алиев и Таир Хубанов, однако, несмотря на неоднократные запросы азербайджанской стороны, Грузия отказалась от выдачи подозреваемых. Следственным путем установить заказчика преступления так и не удалось.
Вместе с тем расследование, которое провел друг и соратник Эльмара Гусейнова, Эйнулла Фатуллаев, показало, что организаторами убийства могли быть высокопоставленные сотрудники упраздненного в 2015 году Министерства национальной безопасности, которое и вело дело об убийстве журналиста.
Через 10 лет после убийства Эльмара это министерство было упразднено за бандитизм в отношении предпринимателей и рядовых граждан, за превращение в преступное сообщество, а его высокопоставленные сотрудники оказались за решеткой.