34-летний Хонда известен по выступлениям за московский ЦСКА и итальянский «Милан». Также в его послужном списке такие команды, как «Нагоя Грампус» (Япония), «Венло» (Голландия), «Пачука» (Мексика), «Мельбурн Виктори» (Австралия), «Витесс» (Голландия), «Ботофого» (Бразилия). На счету Хонды 98 матчей за сборную Японии. Он участвовал в чемпионатах мира 2010, 2014 и 2018 годов.
В августе 2018 года Хонда, продолжая карьеру игрока, стал главным тренером сборной Камбоджи, которой часто руководит дистанционно.